Ядро Linux, основные компоненты системы, большинство пользовательских приложений, — свободные программы. Их можно запускать на любом числе компьютеров, передавать без ограничений за деньги или бесплатно, получить исходные тексты этих программ и вносить в них любые исправления.

Свобода программ обеспечила широкое их использование и интерес со стороны тысяч разработчиков. Основные для Linux программы выходят под лицензией GNU General Public License, которая не только гарантирует свободу, но и защищает ее, разрешая дальнейшее распространение программ только под той же лицензией. Потому код ядра Linux, компиляторов, библиотеки glibc, пользовательских оболочек KDE и GNOME не может быть использован для создания закрытого кода. В этом принципиальное отличие Linux от свободных ОС BSD (FreeBSD, NetBSD, OpenBSD), фрагменты которых вошли в семейство Windows и даже стали основой Mac OS X. Linux включает в себя многие наработки BSD, но его компиляторы и системные библиотеки разработаны в рамках проекта GNU.