Работа компьютера от момента нажатия кнопки включения питания до выхода системы в штатный режим работы называется начальной загрузкой. Начальная загрузка происходит в два этапа: сперва загружается ядро операционной системы, которое затем выполняет самонастройку и запускает системные службы.

Первый этап — загрузка ядра — не зависит от типа операционной системы. Выбор устройства, с которого будет происходить загрузка (жёсткий диск, лазерный диск, дисковод), выполняют подпрограммы из ПЗУ компьютера — BIOS. Поиск ядра системы (возможно, нескольких) и настройку параметров ядра выполняет загрузчик, находящийся на выбранном для загрузки устройстве. Ни то, ни друге не нуждается в дополнительной настройке, пока не возникнет нештатная ситуация. Загрузчик Linux (LInux LOader, LILO) распознаёт несколько способов загрузки и несколько вариантов настройки ядра, поэтому при старте он предлагает выбрать один вариант из нескольких. В меню LILO следует выбрать linux-up.

Загрузка системы происходит автоматически на основании параметров, переданных загрузчиком, и информации, полученной при самонастройке. Каждая системная служба при запуске выводит на консоль диагностику [DONE] («готово»), [PASSED] («пропущено») и [FAILED] («сбой»). Если всё в порядке, все сообщения должны иметь вид [DONE]. Сообщения [PASSED] возникают в случаях, когда система решает, что данную службу запускать не за чем: например, при попытке загрузить драйвер несуществующего устройства. Сообщение [FAILED] означает, что системную службу запустить по каким-то причинам не удалось.

Сообщения [PASSED] и [FAILED] не сигнализируют о том, что операционная система «испорчена», скорее — о том, что настройка или окружение компьютера изменились неожиданным для него образом. Например, если система настроена получать сетевой адрес автоматически, однако сервер, выдающий адреса, в сети отсутствует, сетевая служба выдаст сообщение [FAILED], а система продолжит обычную загрузку. Проконтролировать загрузку системы можно, изучив системные журналы, прежде всего тот, что выдаётся командой dmesg.

В процессе работы Linux активно несколько виртуальных консолей. Каждая виртуальная консоль доступна по нажатию Alt и функциональной клавиши с номером этой консоли. Так, в ALT Linux после загрузки системы функции системной консоли берёт на себя 12-я виртуальная консоль (Alt-F12). Если запущена графическая подсистема X11, она занимает седьмую консоль, а для переключения в текстовый режим описанные клавиши нужно нажимать вместе с Ctrl: Ctrl-Alt-F1, CtrlAltF2 и т. д.

Linux нельзя выключать, просто лишив компьютер электропитания. Множество информации, которая должна располагаться на диске, система держит в оперативной памяти для повышения быстродействия. Неожиданное выключение питания приводит к потере этой информации. Останавливать систему следует с помощью команды shutdown -h now. При этом сначала будут остановлены системные службы, затем размонтированы файловые системы, а затем (если это возможно) компьютер отключится. Если программное отключение невозможно, на экран выведется соответствующее сообщение, и питание можно отключить кнопкой Power.

Если компьютер поддерживает протокол работы ACPI, нажатие на кнопку Power приводит не к выключению электропитания, а к передаче системе ACPI-сообщения о том, что кнопка Power была нажата. При получении такого сообщения система выполняет те же действия, что и shutdown. Только в этом случае допустимо выключение кнопкой Power.

Третий вариант — нажать на клавиатуре Ctrl-Alt-Del, после чего система пойдёт на перезагрузку (останов и немедленная повторная загрузка). Эти клавиши не имеют никакого собственного действия на систему, такая реакция — свойство ядра, которое можно отключить. Дождавшись начала загрузки (например, меню LILO), вы можете выключить компьютер.