Вся настройка Fluxbox сводится к настройке текстовых файлов, находящихся в каталоге /.fluxbox, который образуется при первом запуске в домашнем каталоге пользователя. Делать это можно несколькими способами. Первый — с помощью меню, появляющегося при нажатии правой клавиши мыши на рабочем столе, второй — правкой файлов руками в любом текстовом редакторе. Причем эти способы часто необходимы оба, ибо с помощью выпадающего меню можно настроить только три пункта этого меню:

Основное правило — не забывайте нажимать в выпадающем меню пункты: Reconfigure и Restart. Первая команда перезапишет файл ~/.fluxbox/init — именно этот файл “говорит” Fluxbox о его глобальных настройках и читается при загрузке менеджера первым. Второй пункт необходим для того, чтобы ваши настройки вступили в силу. Обратите внимание, что все ваши запущенные до этого программы останутся в таком же состоянии, как и до щелчка по пункту Restart меню Fluxbox.