Уникальной чертой Pfaedit является предлагаемая им возможность писать сценарии на собственном языке, похожем на смесь C, языка программирования командной оболочки (bash) и команд из меню Pfaedit.

Из скрипта можно выполнить любую функцию, относящуюся к шрифту (открыть, перекодировать, добавить символы, сгенерировать шрифт) или к символу (скопировать, отразить, повернуть, изменить границы и так далее). Таким образом с помощью сценариев можно автоматизировать большую часть выполняемых со шрифтами действий.