При аутентификации на клиенте после ввода логина учётной записи FreeIPA необходимо последовательно ввести пароль (первый фактор) и код токена (второй фактор):

При аутентификации в веб-интерфейсе FreeIPA в поле Пароль необходимо ввести пароль и код токена слитно, без пробелов (в форме <пароль><код токена>):