Для обновления всех установленных пакетов используются команды:

# apt-get update && apt-get dist-upgrade

Первая команда (apt-get update) обновит индексы пакетов. Вторая команда (apt-get dist-upgrade) позволяет обновить только те установленные пакеты, для которых в репозиториях, перечисленных в /etc/apt/sources.list, имеются новые версии.