Для обновления всех установленных пакетов используется команда

# apt-get dist-upgrade

Она позволяет обновить только те установленные пакеты, для которых в репозиториях, перечисленных в /etc/apt/sources.list, имеются новые версии.

В случае обновления всего дистрибутива APT проведёт сравнение системы с репозиторием и удалит устаревшие пакеты, установит новые версии присутствующих в системе пакетов, отследит ситуации с переименованиями пакетов или изменения зависимостей между старыми и новыми версиями программ. Всё, что потребуется поставить (или удалить) дополнительно к уже имеющемуся в системе, будет указано в отчёте apt-get, которым APT предварит само обновление.