Основное средство настройки ALT Linux — Центр управления ALT Linux (ALT Linux Control Center). Он позволяет в графическом интерфейсе управлять наиболее востребованными настройками системы: пользователями, сетевыми подключениями, переферийный оборудованием, правами доступа и т. п. ALT Linux Control Center состоит из нескольких независимых диалогов — модулей. Каждый модуль отечает за настройку определённой функции или свойства системы и может быть запущен автономно.
ALT Linux Control Center можно запустить из главного меню в графической среде («Настройка/ALT Linux Control Center») или из командной строки командой acc. Любой отдельный модуль можно также запустить через пункт главного меню («Настройка/ALT Linux/название модуля») или командной config-название модуля из командной строки. Запускать ACC и отдельные модули может любой пользователь.
В Linux доступно два вида настроек: общесистемные и для отдельного пользователя. Естественно, что изменение общесистемных настроек требует полномочий администратора и затрагивает всех пользователей системы. При запуске таких модулей появится запрос на ввод пароля администратора (пользователя root). Обычный пользователь может изменить для себя значение некоторых системных настроек, естественно, это не затронет других пользователей и не требует пароля администратора. Логика работы здесь простая: если при запуске запрашивался пароль — будут изменены общесистемные настройки, если не был — настройки запустившего пользователя.
В настоящий момент доступны следующие модули настройки: