Изначально в Sisyphus использовалась система альтернатив, взятая от Debian, однако в ходе эксплуатации был выявлен ряд проблем и недостатков функциональности. Новый проект alternatives призван решить эти проблемы. Это пример «комбайн вместо набора утилит».

Новые alternatives также имеют более надёжный подход к организации базы данных. Простые shell-скрипты как результат удачного формата конфигурационных файлов. Кроме того, вместо «группового» подхода к альтернативам, применяется «покомпонентный». Благодаря этому снялись ограничения на отношения master/slave и значительно упростились алгоритмы обработки.