В принципе удаление каталогов в чем-то подобно удалению файлов — вы не хотите, чтобы каталог существовал в текущем рабочем каталоге, но вы хотите также, чтобы можно было извлекать старые версии проекта, в которых еще существовал каталог.

Можно удалить каталог, удалив все файлы в нем. Нет способа удалить сам каталог. Вместо этого вы задаете командам cvs update, cvs checkout или cvs export ключ командной строки -P, который заставит CVS удалять пустые каталоги в рабочем каталоге. Вероятно, лучше всего будет всегда указывать -P, если вы хотите, чтобы существовал пустой каталог, поместите в него пустой файл, например, .keepme, чтобы не дать CVS с ключом -P удалить этот каталог.

Заметьте, что при использовании ключей -r или -D с командами checkout и export подразумевается также использование -P. При этом CVS сможет создать или не создавать каталог, в зависимости от того, находились ли в этом каталоге какие-либо файлы в конкретной версии проекта.