Если изменения, которые вы сливаете, включают в себя удаление или добавление каких-либо файлов, то команда update -j учтет такие добавления и удаления.

Например:

cvs update -A
touch a b c
cvs add a b c ; cvs ci -m “added” a b c
cvs tag -b branchtag
cvs update -r branchtag
touch d ; cvs add d
rm a ; cvs rm a
cvs ci -m “added d, removed a”
cvs update -A
cvs update -jbranchtag

После того, как эти команды выполнены, а также выполнена команда cvs commit, файл a будет удален, а файл d будет добавлен в основной ствол.