Для нового проекта самым простым способом, вероятно, будет создать пустую структуру каталогов, например:

$ mkdir tc
$ mkdir tc/man
$ mkdir tc/testing

Затем используйте команду import, чтобы создать соответствующую (пустую) структуру каталогов внутри репозитория:

$ cd tc
$ cvs import -m "Created directory structure" yoyodyne/dir yoyo start

Затем используйте команду add, чтобы добавлять файлы и новые каталог по мере их появления.

Убедитесь, что права доступа, которые CVS дает новым каталогам в $CVSROOT, правильны.