По умолчанию Boxes сохраняет образы виртуальных дисков в каталоге ~/.local/share/gnome-boxes/images/.

Так как ВМ могут занимать значительное место на диске, можно изменить каталог хранения:

$ mv ~/.local/share/gnome-boxes/ /path/to/directory
$ ln -s /path/to/directory ~/.local/share/gnome-boxes

/path/to/directory — каталог, в который нужно переместить ВМ.