Moodle позволяет делать резервные копии курсов Администрирование → Курсы → Резервные копии. Можно назначить файлы и служебную информацию для резервирования, а также можно настроить автоматическое копирование через определённый промежуток времени.

Кроме этого, резервное копирование курса можно осуществлять через блок Настройки → Резервное копирование.